Lisans anlaşmalarının stratejik açıdan en büyük sakıncalı yönü, lisansör firmanın gelecekteki rakibini kendi eliyle oluşturmasıdır. Lisans anlaşması süresi boyunca lisansör lisansıyı teknik ve üretim açısından destekleyecektir. Fakat lisans anlaşmasının sona ermesi durumunda, lisansör firma yabancı ülke pazarını ve hatta bu ülkeye komşu pazarlarını kaybetme tehlikesiyle karşı karşıyadır.
Lisans anlaşmasının sona ermesinde genellikle lisans hakkını alan lisansının bu hakkı kendi işletmesinin amaçları doğrultusunda kullanma arzusu yatar. Lisansı' firma lisansör firmanın istekleri doğrultusunda pazar potansiyelinin geliştirilmesi için gerekli finansal ve yönetsel istekleri uygulamak istemeyebilir Stratejik açıdan her ne kadar lisans anlaşması iki taraf için de sorumlulukları detaylı bir şekilde belirlese de, lisansörün lisansı üzerinde kontrolü kaybetmesi ve uygulamada yanlış anlaşılmaların ve çatışmaların görülmesi her zaman mümkündür. Söz konusu yanlış anlaşılmalar, çatışmalar ve kontrol kayıpları lisansör firmanın stratejik amaçlarına zaman içerisinde hizmet etmeyebilir.
"Yine" stratejik açından özellikle yabancı ülkelerde tekel durumundaki ekonomik alanlara girmek için lisans anlaşmaları kullanılabilir. Örneğin birçok ülkede tütün ve sigara işkolu hükümetlerin tekelinde olmasına rağmen, Philip Morris bu hükümetlere lisans anlaşması çerçevesinde üretim ve pazarlama yapmaktadır. Ayrıca lisans anlaşmalarının stratejik yönden farklı şekillerde de kullanılması mümkündür. Örneğin konfeksiyon işindeki Murjani şirketi satışlarını artırmak için Coca-Cola ve Chrysler firmalarının logosunu kullanma hakkını lisans anlaşmalarıyla almıştır |