IX-X. yüzyıllarda Şam ile beraber Harran ve Bağdat yanında, Halife Ömer zamanında inşa edilmiş olan Basra ve Küfe, Arap alemindeki ilim hayatının merkezleri haline gelirken Antakya eski ihtişamını kaybetti ve giderek islam aleminin küçük ve önemsiz bir kenti haline geldi.
Bu çağda kentte inşa edilen yapılan, yeni kurulan mahalleler açılan sokaklar gibi imar faaliyeti olarak ifade edilebilecek çalışmalar hakkında Roma dönemindekine benzer şekilde detaylı bilgilere hemen hemen hiçbir kaynakta rastlanmamakta, askeri ve siyasi olaylar içinde Antakya, yeri geldikçe sadece isminden bahsedilen bir kent olarak yer almaktadır. Bunun sebebi, yüzyıllar içinde değişmiş olan koşullar nedeni ile kentin artık askeri, siyasi ve ekonomik bir merkez olma niteliğini eskiye nazaran bir hayli yitirmiş olmasıdır.
Roma ve onu takip eden Bizans döneminde, asırlarca devam eden huzur ve emniyeti, tüccarların denizden ve karadan korkusuzca ticaret yapmalarına imkan verirken, VII. yüzyıldan itibaren başlayan Bizans-Pers mücadelesi ve hemen sonrasındaki Arap fütuhatı, bu bölgede yer alan kentlerdeki huzur ve emniyetin kalkmasına ve bunun tabi bir sonucu olarak ticari hayattaki canlılığın azalmasına neden olmuştur.