Hıristiyan tacirlere, özellikle Venedikliler'e tanınan imtiyazlar sayesinde de ticari hayat eskiye oranla biraz canlandı. 971 yılında, Halife Muiz-Lidinillah döneminde 100.000 kişilik bir ordu ile Antakya'yı kuşatan Fatımiler'in kenti ele geçirme teşebbüsleri başarısızlıkla sonuçlanmıştır.
İmparator Basileios II döneminde 994 yılında tekrar Suriye'ye giren Fatımiler, Bizans ordusunu Asi kenarındaki bozguna uğrayarak Antakya'yı bir kez daha tehdit etmişlerdir.
Bizans'ın üç muzaffer imparatoru: Nikephoros Phokas (963-969), Ionnes Çimiskes (969-976) ve Basileios II (976-1025) zamanlarında yapılan fetihler ile arazisi genişleyen imparatorluk içinde Antakya Thema'lığı sınır bölgesinde bulunan nedeni ile önem kazandı ve Dux'luk ünvanını aldı. 997 yılında Dukas Domasticus ile Arablar arasında Bizans Ordusunun mağlubiyeti ve Domasticus'un ölümüyle sonuçlanan savaştan sonra Antakya'yı zapteden Araplar kenti yağma ederek ahalisini öldürdüler ve civardaki köyleri yakarak çekildiler. 8 Mart 1058 tarihindeki şiddetli deprem bütün kenti sarstı. St. Peter Kilisesi ile berber şehirdeki diğer büyük yapılar hasar görürken 10.000 kadar insan öldü